Естественные науки

Журнал фундаментальных
и
прикладных исследований

Особенности исследований вирусов человека методами высокопроизводительного секвенирования

2014. №4, Стр. 100-108

Рубальский Евгений Олегович - аспирант, Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского, Российская Федерация, 125212, г. Москва, ул. Адмирала Макарова, 10, info@gabrich.com

Тихонова Нина Тимофеевна - доктор биологических наук, профессор, руководитель лаборатории, Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского, Российская Федерация, 125212, г. Москва, ул. Адмирала Макарова, 10, info@gabrich.com

Алешкин Владимир Андрианович - доктор биологических наук, профессор, директор, Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского, Российская Федерация, 125212, г. Москва, ул. Адмирала Макарова, 10, info@gabrich.com

Чикобава Мераб Георгиевич - академический доктор, профессор, Сухумский государственный университет, Грузия, 0186, г. Тбилиси, ул. Анны Политковской, 12, merab_ch@mail.ru

Афанасьев Станислав Степанович - доктор медицинских наук, профессор, заместитель директора, Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.Н. Габричевского, Российская Федерация, 125212, г. Москва, ул. Адмирала Макарова, 10, info@gabrich.com

Рубальская Альвина Фаритовна - аспирант, Астраханский государственный медицинский университет, Российская Федерация, 414000, г. Астрахань, ул. Бакинская, 121, rubalsky.innovation@gmail.com

В настоящем обзоре рассматривается использование современных методов высокопроизводительного секвенирования (next generation sequencing, NGS) в исследованиях вирусов человека. Проанализированы и обобщены особенности NGS, возникающие в зависимости от поставленных практических задач при полногеномном секвенировании de-novo, повторном секвенировании (ресеквенировании), секвенировании РНК, метагеномном секвенировании. Подходы NGS изложены с учетом ключевых проблем, важных для эффективного использования методов высокопроизводительного секвенирования. Приведены некоторые особенности пробоподготовки образцов, выделения нуклеиновых кислот, полногеномной амплификации, получения ампликонов, приготовления библиотек для секвенирования. Типовые этапы биоинформационного анализа данных NGS изложены с учетом прикладных задач медицинской вирусологии.

Ключевые слова: высокопроизводительное секвенирование, NGS, вирусы человека, полногеномное секвенирование, секвенирование de-novo, секвенирование РНК, метагеномное секвенирование, биоинформационный анализ, high-throughput sequencing, NGS, human viruses, whole genome sequ

Читать