Естественные науки
Журнал фундаментальных
и
прикладных исследований
Структурно-динамические модели и спектральная идентификация метилурацилов в конденсированном состоянии
2013. №4, Стр. 183-190
Элькин Михаил Давыдович - доктор физико-математических наук, профессор, Астраханский государственный университет, Российская Федерация, 414056, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, elkinmd@mail.ru
Смирнов Владимир Вячеславович - кандидат физико-математических наук, доцент, Астраханский государственный университет, Российская Федерация, 414056, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, kof@aspu.ru
Джалмухамбетова Елена Азатуллаевна - кандидат физико-математических наук, доцент, Астраханский государственный университет, Российская Федерация, 414056, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, kof@aspu.ru
Гречухина Оксана Николаевна - кандидат физико-математических наук, доцент, Астраханский государственный университет, Российская Федерация, 414056, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, kof@aspu.ru
Алыкова Ольга Михайловна - кандидат педагогических наук, доцент, Астраханский государственный университет, Российская Федерация, 414056, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, kof@aspu.ru
В работе в рамках метода функционала плотности DFT/B3LYP построены структурно-динамические модели урациловых оснований ДНК. Приведенные результаты оценки геометрии метилзамещенных урацила указывают, что изменение параметров в зависимости от места положений метильного фрагмента не превышает величины ~0,01 ? для валентных связей и ~4? для валентных углов и лежит в границах влияния базисов расчета. Образование димеров приводит к изменению соответствующих геометрических параметров в рамках указанных границ. Для спектральной идентификации димеров урацила и его замещенных можно использовать интенсивные полосы, интерпретированные как валентные колебания связей NH (qNH), участвующих в образовании водородных связей. Они смещаются в длинноволновый диапазон на величину ~300 см–1. Полосы, отнесенные к неплоским деформационным колебаниям указанных связей (?NH), смещаются в коротковолновый диапазон на величину такого же порядка (ИК область спектра). Достоверность полученных результатов подтверждается их совпадением с экспериментальными данными по колебательным спектрам для метилзамещенных урацила.
Ключевые слова: метилзамещенные урацила,урацил,димер,конформер,таутомер,функционал плотности,колебательный спектр,ангармонизм,адиабатический потенциал